下面让我们来正式回顾下NR的剧情与结局。
游戏的开始动画是新宿的坍塌废墟之中，尼尔(灵)与尤娜(灵)相依为命勉强生存下来，最终2人灵魂体化，尼尔(灵)同黑之书签订了契约，也成为了后来的魔王(游戏最终BOSS)。
光阴似箭，游戏来到了1300多年后，世界也变为中世纪风格。尼尔(复)与尤娜(复)登场，两人安静的生活在田园之中，其实也就是未来的东京。尼尔(复)从同村的提波儿与波波儿手中接受委托，为了生计四处奔波。同时世界被称为魔物的谜之生命体威胁，妹妹尤娜(复)也患上了被称为黑文病的不治之症(黑文病的病因是复制体对应的灵魂体出现崩坏后所反映的现象)。
尼尔(复)为了寻找治疗妹妹的方法踏上了未知的旅途。旅途中遇到并结识同行的同伴，有会说话的白之书，被魔物侵入半个身体的女性安妮，以及拥有石化之目的少年艾米尔。在旅途中一行人一面寻找着治疗黑文病的方法，一面得知了魔王的存在。而此时魔王夺走了尤娜(复)，安妮也为了封印崩坏体而将自己石化。
之后的5年里，少年成长为青年，在此期间，艾米尔因为提波儿与波波儿的委托去调查某个地下古代兵器，其实那个兵器就是实验体6号、艾米尔的姐姐哈露娅。最后艾米尔与哈露娅合体，变为骷髅的外貌，也就是《尼尔・机械纪元》中艾米尔的头部造型，但也因此获得强大的魔法力量。最后一行人仍然为了夺回尤娜(复)再次站在了魔王的面前。
在NR故事的结尾，同样分为了多种结局，其中删存档的D结局也就是《尼尔・机械纪元》所承接的结局。
但是在NR发售后，NR的资料集中存在E结局，D和E的区别说完D讲明。
在这个结局中，提波儿与波波儿被一行人击败，而波波儿发动了黑洞打算与众人同归于尽，艾米尔牺牲了自己中和了黑洞。随后尼尔(复)与安妮一起挑战魔王。结果是尼尔(复)战胜了尼尔(灵)，而尤娜(灵)因为不忍夺去尤娜(复)的身体，甘愿走到阳光之下(灵魂体被阳光照射到就会消失)，尤娜(复)也因此恢复了自我意识。本该因欢乐结局收场，但安妮却因为身体内的魔物暴走，尼尔(复)甘愿消除自己的存在以帮助安妮。从此安妮从魔物的魔爪中得到解脱，但是尼尔(复)变为从来就不存在的事实。尤娜(复)认为是安妮救了她，众人也都不再记得尼尔(复)的存在，尼尔(复)所做的所有事情都变为安妮所做，包括打倒魔王。只有安妮会自言自语“似乎失去了什么重要的东西”，在《尼尔・机械纪元》的艾米尔任务「艾米尔的回忆」中，艾米尔看到月泪花后也会说出相同的话(尤娜头上戴的就是月泪花)。
上图为D结局
如上文提到过一样，官方在游戏发售后补充的资料集中提到了3473年尼尔(复)再次被构成(复制体没有生殖能力，但是可以靠遗留下来的遗传基因信息，加上其他复制体死后被循环利用的资源，再次被构成出来)，这就是E结局的伏笔，在这个结局中，安妮通过保存在旧东京服务器中的的基因信息再次塑造了尼尔(复)，并且随后还破坏了服务器。随后安妮与尼尔(复)在神树下相见，安妮也破坏了本来用来消灭复制的人的神树。可以看作和《尼尔・机械纪元》的E结局一样，都是制作者给玩家留的一个大团圆结局。
事实上无论任何结局，对《尼尔・机械纪元》来说都是一样的，因为有以下几样事实决定了《尼尔・机械纪元》的世界观：
(1)灵魂体方面：无论世界上有几个复制体系统，随着白之书与黑之书消失，以及原种灵魂体的死亡，失去了灵魂体回归复制体手段，失去了稳定的灵魂体魔素源头，灵魂体计划注定失败，人类也注定灭亡。
(2)复制体方面：虽然失去原种灵魂体，但复制体系统还是能运作，原种灵魂体死于3470年，但3473年尼尔(复)仍然被构成。随后旧东京区域的记录有遗传基因信息的记录服务器就消失了，其他地区的复制体系统也停止运作，复制体死后也无再生手段，同样也只能走向灭亡。
(3)人造人方面：在NR中唯一的人造人是旧东京管理地区的提波儿与波波儿，死亡后理应失去了相应的人造人生存技术，但是在《尼尔・机械纪元》中的提波儿与波波儿并非NR中的一对，而是特意留下的监视样本，并灌入了深重的负罪感。可以明确看到人造人技术还是有一定程度的保留甚至壮大，人造人组织是相当庞大并且有更上层的体系。
(4)，XB版比PS3版时间线要早，虽然存在复制体被循环制造这个轮回理论的可能性，个人更倾向是平行宇宙，因为原种生命体只可能被消灭一次。
就像NR没有年表补充很难理解一样，《尼尔・机械纪元》没有对应的年表，恐怕也有很多细节无法确认。
下文单独针对《尼尔・机械纪元》做一些补充性解说。
欢乐游戏吧
