游戏界面
屏幕上方绿色长条为体力量表，如果保持在第一道血时，体力量表呈现绿色，当跌至第二道血时血槽呈现橙色。
血槽下方的蓝槽是查克拉量表，使用瞬身术、普通忍术、终极忍术、查克拉附着手里剑等，都需要耗费查克拉，按住Y键即可积蓄。
查克拉量表下方的四道横杠就是替身术的使用次数，替身术发动一次就会消耗一道杠，等待后替身术量表就会补满。
角色下方的两个小头像是同伴的头像，同时也是支援量表。他们也有使用限制，等待时间过去后，头像正常显示时，即可按LB键、RB键唤出他们。如果选择传动模式，无需按动LB、RB键，同伴也会自动跑出来援护，并且不耗费同伴使用次数。
值得一提的就是援护的同伴，一旦被对方破防、被终极忍术击中，则要花费更长的时间才能恢复。
在替身术下方会弹出目前使用的战斗模式提示;当使用忍术时，屏幕左下方会出现忍术的名称;屏幕左侧或者右侧会出现招式提示。
屏幕左下角是物品栏，物品栏一次只能够携带4嗰道具，按十字键↑、↓、←、→使用。
故事界面
剧情章节与战斗章节，可以从篇章看板选择篇章，在选择接下来想玩的章节。
章节有从剧情影片开始的剧情章节，和以战斗开始的战斗章节。
另外，当篇章分歧成两条路线时，需将两条路线都过关才算完成该章。
已通关的章节及战斗也能再度游玩。
战斗章节的图示代表，褐色感叹号→头目战（BOSS战）、绿色手里剑→自由对战、蓝色群众→群体战、紫色手里剑→戏剧性战斗。
戏剧性战斗，是自由对战与I·A互相组合的特殊战斗。
选择人物界面
选择作战者以及同伴（如果是单打模式则无需选择同伴），一般可以选择两人。而同伴的数量决定于各人在漫画之中的实力，譬如戴面具的阿飞只能跟斑搭配，此时玩家加上同伴也只能是两人。
选择同伴最好选择的就是在漫画之中有牵绊的角色，譬如猪鹿蝶，他们会经常进行自动援护、自动辅助攻击，而且还具备三人合体终极忍术，施展出来的威力更加强悍。
另外就是选择作战模式，作战模式有三种：终极忍术模式、觉醒模式、传动模式。
终极忍术模式能够使用终极忍术;觉醒模式可以在血量跌至第二杠血时爆发;传动模式主要是同伴援护、辅助攻击、合体招式。
在普通战斗准备界面之中还可以进行物品栏的设置。
收集品界面
在此玩家可以查看目前已经获得的珍稀收集品。
收集品包括“终极忍术”、“音乐”、“忍者信息卡片”、“冠军头衔”、“忍者信息边框（背景）”、“替身术道具”、“附属品”、“终极忍术动画（回忆录）”。终极忍术是回放各名施展终极忍术的视频，只要使用每个角色发动终极奥义即可获得;
音乐BGM，在进行各个游戏模式，达到一定进程时就可以获得这些值得收藏的BGM;
这里的忍者信息卡，玩家可以自行编辑（头衔、图案、底色），相当于就是玩家在线上模式的头像。这些忍者信息卡的图案只能在线上模式中使用（展示）;
冠军头衔，浏览玩家目前获得的“头衔”，头衔也是通过完成各个游戏模式、达成一定的珍稀品收集量就能获取;
忍者信息边框（背景），在这里查看玩家已经获得的忍者信息边框（背景），达到一定进程时就可以获得它们;
替身术道具，每位角色有他特殊的替身术所使用的道具，如一乐拉面的灯笼、波风水门的光球等;
附属品是《火影忍者》动画、漫画当中出现过极具纪念价值的收集品，如九尾的封印符，只要完成一定的游戏操作就能够获得;
终极忍术动画，每当敌人剩余少量HP时，玩家使用终极忍术一次性解决敌人，此时画面就会弹出目前使用的角色的回忆动画;
自订角色界面
选择自己喜欢的角色，在自订角色界面中，可以对角色的替身道具以及奥义的终结特写进行设定。
储存了更改设定后的角色，便可在自由对战或连线对战当中使用！
另外，自订用道具（收藏道具），可以在收藏模式或冒险模式内的万事屋-万代中获得！
预设编制界面
事前登陆即可轻松选择角色。在预设编制中，可以登陆自由对战与连线对战中喜欢的角色（队伍），不论个人或小队皆可进行登陆。
若于事前进行角色登陆，便不需在对战前逐一选择角色，能更流畅地发起对战。
达成条件界面
在故事模式中，设有战斗时若达成特定任务条件便能获得忍宝的条件。
选择战斗章节后按下Y键，便能确认奖励条件。
另外，在故事选择页面按下start键便能确认所持品列表。以所持品列表中想要的忍宝为目标吧。
欢乐游戏吧
