Y版限定PM
| 编号# | 图片 | 名字（英文/日文） | 获得方式/捕捉地点 |
| #006 |  | Mega Charizard Y / メガリザードンY | 战斗中使用mega石（Charizardnite Y） |
| #090 |  | Shellder / シェルダー | 8号路钓鱼 |
| #091 |  | Cloyster / パルシェン | 8号路钓鱼 / #090使用水之石进化 |
| #138 |  | Omanyte / オムナイト | 化石复活 |
| #139 |  | Omastar / オムスター | 由#138 40级的时候进化 |
| #140 |  | Kabuto / カブト | 化石复活 |
| #141 |  | Kabutops / カブトプス | 由#140 40级的时候进化 |
| #150 |  | Mega Mewtwo Y / メガミュウツーY | 战斗中使用mega石（Mewtwonite X） |
| #214 |  | Heracross / ヘラクロス | 12号路 |
| #246 |  | Larvitar / ヨーギラス | 地图最左边的山洞里 |
| #247 |  | Pupitar / サナギラス | 18号路/由#246 30级时候进化 |
| #248 |  | Tyranitar / バンギラス | 由#247 55级的时候进化 |
| #309 |  | Electrike / ラクライ | 10号路 |
| #310 |  | Manectric / ライボルト | 由#309;26级的时候进化 |
| #509 |  | Purrloin / チョロネコ | 由#262雌性孵蛋 |
| #510 |  | Liepard / レパルダス | 15号路 / 由#509 20级的时候进化 |
| #538 |  | Throh / ナゲキ | 11号路 |
| #682 |  | Spritzee / シュシュプ | 7号路 |
| #683 |  | Aromatisse / フレフワン | 携带通讯进化 |
| #690 |  | Skrelp / クズモー | 8号路/水族馆城市/岩系道馆城市（钓鱼可得） |
| #691 |  | Dragalge / ドラミドロ | 8号路/水族馆城市/岩系道馆城市（钓鱼可得）/ 由#690 48级的时候进化 |
| #717 |  | Yveltal / イベルタル | 剧情获得 |
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