酋长战役：火与影
《帝国时代3：酋长》战役中按照历史，以美国历史上的真实故事设计了易洛魁人和苏族人的战役，虽然仍然以布莱克家族的人物为线索，但他们的故事却是在历史上真实发生过或有原型的事件，相比原版战役显得真实了不少。而阿兹特克人的战役在帝国时代2中已经存在，而且在《帝国时代3》原版战役中阿兹特克也已经出现在了战役之中，故没有在本战役中出现。
第一幕：火焰
故事的主人公是前作中的易洛魁人坎勇凯的侄子也就是艾米利亚的父亲耐萨尼奥。美国独立战争中，曾经强大而团结的易洛魁部族发生分裂，一部分帮助英军战斗，另一部分则帮助美国人进行独立战争。战役中耐萨尼奥与华盛顿并肩作战，与英国人艰苦斗争，参加了萨拉托加战役、约克镇战役等一系列美国独立战争中的著名战役，为美国独立立下功勋。
但是战役却隐瞒了一些史实：历史上独立战争中更多易洛魁人帮助英军作战，而华盛顿为了报复则派兵进攻易洛魁村庄，大肆烧杀抢掠，所到之处尽成焦土。耐萨尼奥这样的人或许确实存在，但是很多人却忘了即使美国的国父也有这样不光彩的往事。
第一关：战斗之舞
第二关：营救
第三关：布里德山
第四关：穿越特拉华河
第五关：萨拉托加
第六关：佛吉峡谷
第七关：莫里森镇战役
第八关：约克镇战役
结尾：独立战争
第二幕：阴影
故事的主人公是艾米利亚的儿子查伊顿。19世纪，查伊顿继承了母亲的公司，和荷姆警长一同在美国西部修建铁路，期间和苏族人一再发生冲突。后来美国人在苏族的圣地黑山发现黄金，查伊顿帮助荷姆进攻苏族人并开采黄金，但在战争中查伊顿逐渐认识到白人的贪婪无耻和背信弃义，最终坚决地选择了反抗，加入苏族部落消灭了荷姆的势力，并在疯马酋长的带领下参加历史上著名的小大角河战役，全歼卡斯特将军的第七骑兵团。
苏族人是大平原上的游牧部落，也是人类历史上最后一个马背上的民族。他们为了反抗白人的侵略所做的一系列斗争以及小大角河战役都是历史上真实发生过的事件，虽然最终没有改变被白人奴役的命运，但他们的斗争精神仍然值得敬佩。
第一关：博兹曼小径
第二关：红云战争
第三关：占领
第四关：有埋伏！
第五关：转折点
第六关：信任
第七关：小大角河战役
结尾：苏族
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